千年兽的事情暂告一段落，6峰开始考虑要不要把基地的重心转到钢铁之岛来，因为很明显，数码世界Be11dandy层就要遭遇一次人类与数码兽的大规模冲突，而且今后还会被基路比兽和六翅兽拆一遍，实在太危险了。urd层或许更加安全。但权衡再三后，6峰放弃了这个想法。他的朋友、声名、地位都在Be11dandy层，这就已经决定了他的主要精力将放在这里。而urd层只能是作为狡兔三窟的后备。
和上次一样，urd层的异变并没有引起人类世界的注意。日本政府的两派则在激烈斗争当中。解散daTs后，羽柴长官已经任命仓田明宏负责数码兽相关事件的负责人。尽管萨摩廉太郎想机密省申诉，据理力争，也无济于事。因为他们本来就是个民间科学家组织，还是个不太听话的组织。而对于机密省来说，像警察一样收拾残局哪里比得上入侵新世界来得功劳大，有所偏向性，理所当然。
而藤枝淑乃的回归带来了人类在屠杀数码兽的消息，大门大他们这才明白为什么墨丘利兽那些数码兽会对人类的态度那么恶劣，对墨丘利兽带走比丘兽的怨恨减轻了许多。
但是紧随着藤枝淑乃的就是神志不清正在茫然找寻大门知香的亚古拉兽，把大门大打蒙了，也是这一次引出了亚古兽s进化为完全体的契机。
在此之后，数码特搜队的队员们意见生了分歧，萨摩廉太郎、大门大都对人类屠杀数码兽表示了质疑，而藤枝淑乃则坚信。
“这其中会不会有什么误会？也不然我们两边都求证一下。”白川惠的提议缓和了气氛。托马也认为这是个不错的主意。
“我去暗中调查那个羽柴！”藤枝淑乃先道。
“那我就去问一问那个墨丘利兽！”大门大捏了捏拳头。
“那么就由大、托马前往数码世界向墨丘利兽求证；淑乃和小惠、美树去向机密省询问！”萨摩廉太郎做出了最后决定。
“是！”众人一听就要各自开始行动。
“等等！”萨摩廉太郎叫住了藤枝淑乃：“注意方式方法……还有，要小心！”
“嗯~！”得到队长的特别关照，藤枝淑乃干劲更足了。
而咋听到daTs解散的武之内素娜这时也回到了daTs基地，然后被藤枝淑乃拉进了队伍。
而当所有人都离开基地后，萨摩廉太郎才露出了忧虑的表情。掏出口袋里的电话，拨出一个号码：“是汤岛吗……”
成功避过世界树的耳目逃回人类世界的管狐兽扭头道：“这次的事件恐怕很难善了，如果托马他们在数码世界的行动不顺，就让他们去钢铁苍穹吧。”
萨摩廉太郎疑惑道：“钢铁苍穹？”尽管他和管狐兽是搭档，但却并没有得到多少数码世界的的内幕消息。
“啊，如果报上那个名字的话，或许会有帮助。”
第二天，做好了充分准备的大门大和托马踏入传送器进入了数码世界Be11dandy层，而藤枝淑乃四女也站到了政府大楼下……
和动画一样，托马和大门大直接出现在距离无限冰壁不远的森林中，然后晚一步到达的食物、信标装置、通讯工具、计时工具全都被野口郁人一击成灰。
“野口郁人？自称‘数码兽’的人类小孩，有意思！”对大门大这个主角的行踪，6峰可谓是十分关切，因为这关系到剧情的走向，谁让6峰没看过第五部呢。
而野口郁人与大门大、托马的战斗让6峰产生了一个想法……
“分子兽，做得很不错！”6峰对大屏幕下操作的部下赞赏道。也许是因为对那只变异太阳兽的忌妒，也许是没能被选上进入人类世界独当一面，留在钢铁之岛的一只齿轮兽“知耻而后勇”地进化成了分子兽！于是，被带到了钢铁苍穹上担任重建工作的总负责人。
当然，比数码宝贝第一部里的分子兽差远了，可却让6峰的研能力一下子增强了好多倍。对这些上进的部下，6峰一项不会吝惜称赞。
回到大屏幕上，从野口郁人他们的战斗情况来看，这个1o岁的孩子战斗经验极其丰富，如果身体条件相当，近战远程能力应该还在大门大之上。想起汤岛浩对大门大说的“对你炽热的拳脚来说，这个人类世界太狭小，都挥舞不开了吧？怎么样？要是再数码世界的话就能和许多强敌尽情战斗了！”，6峰都觉得脸红。就算他真是“全日本第一的打架番长”又怎么样？随便找个武术大师就由n种方法干掉他了。和托马打拳击都只能靠着耍赖得到平局，他也好意思。
战斗引出了这片森林的主人祖立兽，托马才知道“数码世界的数码兽并非全部服从于墨丘利兽”，6峰一口果汁喷了出来，全部服从墨丘利兽？托马这家伙什么时候变成脑残了？
不过6峰确实讨厌这种诸侯统治的方式。明明墨丘利兽掌管树海，就相当于战国七雄那种程度。下面却还有许多不那么买账的完全体小诸侯，统治效率太过低下了。
然后因为对森林的巨大破坏，祖立兽渐渐偏向大门大一方。主角节奏渐渐出来，6峰也就没有兴趣看下去了。吩咐分子兽继续监视大门大，6峰转身向着钢铁苍穹一处人类气息浓厚的地方走去。
还记得6峰曾经很喜欢机械邪龙兽的那片名胜建筑群吧，把人类世界各地的建筑汇集到一起，凯旋门、帝国大厦、罗马斗兽场、大本钟、天主教堂……虽然在与机械邪龙兽在地底战斗使得一部分塌陷了，黑暗龙卷山崩碎又毁了一部分。但新世界诞生后，黑暗龙卷山的残骸却被6峰抢救回来了一部分，也包括很大一片人类建筑。（黑暗龙卷山本就有抗衡启示录兽的功能，所以即使被毁掉，残骸也不会被那片黑暗宇宙粉碎。）而现在，这些建筑中是有住户的！
6峰把这些建筑的一小块跨世界移植到了Be11dandy层，这些居民也就一起来了。（这是因为Be11dandy层现在空间壁垒太薄，操作难度不大，等空间壁垒加厚之后就没这么容易了。）
能猜出这些居民是谁吗？好吧，按照一般奇幻魔法小说或者军事历史小说的套路，6峰如果真想培养自己的班底应该最好从孤儿中挑选，从小养大。这点6峰当然也做了，而且是以他的公司的名义在世界各地创办孤儿院。然而，这些都是未来的事情，6峰现在需要的，确实能够立即派上用场的人类！
而这些居民，都是这样的人才！他们全都是曾经加入“盖亚计划”的优秀研究人员。
“好了，各位，传送装置建立好了吗？”6峰把这些找来的第一件事就是在钢铁苍穹上建立能够和钢铁之岛直接联系的传送器，而无需人类世界的中转。
“基本原理已经没有问题，传送器的组装也很顺利，接下来我们只需要调试，找出与urd层的象限差距就可以了……”这些研究人员的临时负责人贝根史坦因教授向6峰做了说明。（贝根史坦因教授出自数码宝贝第三部）
“专业词汇就不用和我说了，我只需要知道这东西什么时候可是使用。”
“大概……三天吧！”贝根史坦因肯定道。这个金中年人十分干练，一身牛仔装，活像美国西部片里的警长，是个很有主见和担当的人。所以才会被选为人类的临时头领。
这时一个叫做“莱娜”的女研究员瑟缩着向6峰问道：“完成了这个你真的会放了我们吗？”
6峰看了他一眼：“会！”看着莱娜双眼冒出希冀，又马上道：“但你们还是得回来！”
“什么！？”莱娜惊叫道。“不能放过我们吗？我已经好几年没有见过女儿了！你不能这样对我！”
“为什么不能？”6峰反问，“统治着盖亚囚禁了你们这么多年，是我给了你们自由，让你们重新看到蓝天，看到白云，看到这个美丽的世界。你们才能不像那些被带走的同伴那样被继续囚禁。难道是我给的太多了，以至于你们贪心不足？”
“可是~！”莱娜还想反驳，却又被6峰打断：“况且我并没有说要阻止你去见你女儿，甚至我还会帮助你！”
“什么！？”被6峰抛上抛下的莱娜有些愣神。
“你们其实也回不去了吧！失踪了这么多年，你们一回去就是一次大轰动，尤其是带回去了那么多数码世界的信息，我想51区之类的地方就是你们永远的归宿了……而我，也势必不能容忍你们讲消息泄露出去，到那时候……”在救出这些研究员的时候，6峰可是从无比感激的他们嘴里得到了最详实的信息。
“你到底想说什么！”还是贝根史坦因更冷静，他拉住莱娜，亲自和6峰对话。“说出你的目的吧，或许我们会同意。不要用这种手段了！”
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