《虐杀原形》的故事要从1962年说起，当时美国国防部和其下属高级计划署秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”，其成立初衷是使用生化武器抵御美国外在的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密，直接由国防部最高层接管。
而《虐杀原形1》的主人公Alex则是一个经历了残酷的童年的青年。前9年他是在孤儿院度过的，10岁时终于回到刚刚出狱的母亲身边，尽管这对Alex来说这并不比在孤儿院过得幸福。
但是他的聪明才智给了他一个离开悲惨过去的机会。他不信任任何人，没有朋友，从不在乎别人怎样看待自己，只把自己的工作作为慰藉，以致于后来被Gentek聘用时，Alex已经是一名反社会的边缘人士。
在哥伦比亚大学获得遗传学学位后，Alex被Gentek雇佣并成为了“黑光”项目的主要研究员。
他的小组主要工作是对政府给予他们的病毒样本进行研究，并将它们武器化。在Alex的协助下，工程小组制造了传染性强效果强力代号“黑光”的病毒。
“黑光病毒”的诞生使他被Gentek重用，他的研究成果远远超出其他竞争者。
1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国建立了一座小镇，名为“希望”，并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。
他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。
黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。
1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。
然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。
将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。
唯一的生还者名为ElizabethGreene，而她在被发现时已经怀有身孕。
黑色守望的清除行动随即开始，他们将ElizabethGreene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。
当时负责清除行动的是PeterRandall中尉，他在强行带走ElizabethGreene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂，而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官。
希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。
Elizabeth Greene在次月被转往位于迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH，并将其从母亲身边带走。
Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
在这些成果完成之后，Alex成为了黑色守望部队的潜在注意对象，不久之后，Gentek引起了国会的注意被提上调查日常。
由于担心情报泄露，黑色守望决定掩盖一切。另一方面Alex也开始了自己对Gentek的调查。
在他的妹妹Dana，一名新闻记者的帮助下，Alex发觉与项目相关的Gentek工作人员已经陆续被黑色守望封口，一场针对Gentek科研人员的大清洗即将到来，出于恐惧为了保命，Alex逃离了Gentek。
为防自己被抓到，Alex带了一份保险——偷取了一支黑光病毒样本带在身上，并把装有机密文件的笔记本电脑提前邮寄给Dana。但是黑色守望的行动比他预想的迅速，在他搭乘火车逃离前，Alex被黑色守望的在宾夕法尼亚车站逼入绝路。
出于愤怒和为了报复，他打碎了装有病毒的试管，释放了病毒。病毒缓慢无声息的扩散到整个车站感染了所有人。Alex本人则被黑色守望射杀。
Alex倒地而亡的同时，病毒进入了他的身体。他的尸体被装进尸袋运回Gentek，但是没人知道，在运输路程中，病毒正在重组他身体的每一个细胞
这就是虐杀原形的故事，也是第二卷中的主要故事。
从标题名我们可以很明显的看出两代是同一个名称，且第二部的2字也在标明这是一部与一部曲有关的游戏，就连二代的前传漫画中也有提到“这是在《虐杀原形1》与《虐杀原形2》之间的故事”
按照此时此刻的情景，可能很多人都会一致认定《虐杀原形》跟《虐杀原形2》不仅仅是一个系列的作品，还是续一部的未来之作，但在实际上，《虐杀原形2》与《虐杀原形》确实是一个IP系列。猫猫在这里先补充一下第一部的背景。
背景问题
在一部曲中，黑光病毒是一种自生命诞生初期就早已存在的远古物种，且初始目的是激活宿主未激活的基因来达到辅助进化的目的
开始时，黑光病毒并不会将物种转变为行尸，最直接的证据在于黑色守望过去对灵长类动物进行的实验，这场实验然这些灵长类动物们的智力与体质得到了大幅度的增长，就此黑光计划也就此展开了
黑色守望在爱达荷州的某处地点建立了希望镇，居民也都是战死士兵的家属，而黑色守望也是在此地对居民们展开的人体实验，开始的时候基本上没有发生什么问题，但在1969年病毒突然暴走，每个居民均因注射了病毒而产生转变成为了行尸走肉
但二代就不同了，希望镇是原本就存在的某不知名小镇，而黑光病毒则成为了一个本就极度危险的病毒，居民感染的方式也从人体实验变成了病毒主动入侵，而这背景仅仅就是这么的简单
Alex Mercer
在一代目中，原形体Alex是当初同化了人类Alex后所诞生的产物，原本的Alex在车站就被枪杀，现在我们看到的也仅仅只是一个有着它外表与记忆的原形体，是一个独立的病毒，它有着不断进化的能力，且因为同化了无数个人类而成了个比人类还懂人性的存在
而二代就不同了，二代的Alex在人设上依旧是那位人类Alex，原本的设定成了病毒进入了它体内拯救了它并给予了它超能力后再将他的身份由人转变为原形体，但意识总归总依旧是那位人类Alex的（一代Alex是独立的病毒意识）
它不再有无限进化的能力【剧情能力与漫画能力综合起来和游戏性时期的Alex没区别】，比起一代Alex，他的性格要更加极端，甚至因为不了解真实的人性打算环游世界找到自己渴望的一面好重回人类社会
黑色守望
在一代目中，黑色守望部队在大众眼里是不存在的，黑色守望士兵是从精英部队或全国安全部队内精心挑选出来的，他们每人都经过地狱般的训练与测验，测验通过后才可成为真正的黑色守望士兵，黑色守望士兵人均精英，他们不畏惧死亡，以自己的血肉作为底线
黑色守望的装备都是顶级且一流的，他们有着最高的管理与控制权，能够控制海军陆战队，掌握里根号航母与核弹的动用权，甚至能够控制政府的一举一动，可以说不单单是单兵实力强大，就连权限与装备也是最高级的
而二代却不同了，二代目中黑色守望士兵成为一对人人皆知且人人喊打的部队（游戏里你时常能看见反对黑色守望的海报与抗议游行，甚至就连海军陆战队都瞧不起黑色守望士兵），原本应该是让海军陆战队背锅的设定在二代成了两个部队一同行动，他们装备高等，单兵作战能力差距巨大，他们欺软怕硬且近乎人人怕死，与一代的精英部队完全不同
人物删减
虐杀原形2对一部的人物可以说是进行了大规模的删减行动，对Alex做出极大贡献的拉格纳博士被强制删除，一代目内希望镇的两位“幸存者”伊丽莎白·格林与她的孩子贱民（阴谋之网内多次提及此人，且Alex也曾疑惑他去了哪），这本可以成为一大伏笔，但二代目却强行将其删除，原本的两人成了只有格林一人，从头到尾你也完全找不到贱民的下落
其次二代还为黑光病毒写了个新代号，Mercer病毒，可能人们都误认为Mercer病毒是红光或者Alex自己改造的，但实际在开头就有提到Mercer病毒就是黑光
简泰克
我们都知道简泰克是Mcmullen在1980年创立的公司，并且与黑色守望有着一定的合作关，虐杀原形2里虽然他们也有关系.....但虐二编辑改写为简泰克在1964年就已经存在了.......
然而，猫猫发现：
这并不是改一点设定这么简单，起源背景设定，军方组织，重要人物等支持整个游戏的因素几乎都被改了一遍，如果你硬是要让两个游戏拼凑为一部那么你会发现自己不管怎么核对，设定都配不上，也就根本没有联合成一个世界观。
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